大门遇到了亚古兽，两人见面要打人还是要打，亚古兽战败后称大门为大大哥，但是数码特搜队（DATS）不允许不受其成员管理的数码兽继续留在这个世界，必须将其送回数码世界，然后汤岛告诉他如果加入DATS就可以和数码世界的强敌战斗。Da因此加入了DATS，与Shunai和Toma组成了一个团队，一起解决数码事件。托马发现日本数字事件发生频率增加并非偶然，于是请假返回欧洲调查，发现根源来自人类七宗罪。而比丘兽的事情让他们知道其背后的黑手是调查极体数码兽-水星兽作鬼，也因此决定离开前往数码世界。在数码世界里，他们遇到了一个自称数码兽、与人类结怨的人类小孩羽人。历经磨难，与汤岛老人相遇，见到了水星兽。水星兽指责人类不遵守约定，严重干扰数码世界的秩序，残忍地杀害了数码兽，但汤岛一再强调人类什么都没做。最后谈判破裂，汤岛试图制造混乱局面，同时将一大群人送回人类世界，自己却留在了数码世界。回到人类世界的每一个人都决定去见余仁的父母。在见到余仁的父母后，余仁拒绝承认自己的人类角色。在伟大的指导下，他准备融入这个家庭，并希望回到数码世界，告别水星。但等待他们的是水星兽的死亡，而杀死它的是曾经和父亲、羽人的父母、前11集属实没有必要全看，无聊且人物塑造重复的单元剧。后面开始是全系列里面与DT并列的最精彩的主线，是什么导致了人类与数码世界的战争?拥有恐怖破坏力的谜之数码兽是谁在操控?曾经成为两个世界的沟通者的人又是谁?当主角团打倒了反派之后，反而迎来了更大的危机，两个世界的屏障被彻底破坏。以守护数码世界为使命的实力顶级的皇家骑士团降临，为了报复人类的入侵行为，他们开始了对地球的总攻击。DS的故事走向跟DT很像，都是由现实世界与数码兽的战斗开始，逐渐深入剧情，引出造成两个世界混乱的幕后boss。后期压迫感十足与反转不断的剧情有足够的吸引力，不足之处是前11集实在无聊，以及糟糕的主角团戏份分配。大门大的设定虽然槽点很多，最强数码兽的梗甚至比DS的知名度更高，不可否认的是这个人物确实很适合这整个故事。主角团中后期一直处于极大的危险中，巨大的实力差距使得他们看似毫无胜算。可是那又怎样，大门大是面对再强的敌人都要上去打一拳的男人。唯心一直是数码系列剧情里面的关键因素，大的勇气创造了奇迹。男二托马则是理性与智慧兼具的名门少爷，与大门大完全不同的他走了另一条路，智谋的运用同样在这场胜率为零的战争中发挥着很大作